选择墨水时，可以尽量选择既能延长喷头寿命又不影响打印效果的墨水。不同喷头甚至相同的喷头由于其打印电压、振荡频率的不同对所需墨水的指标也不尽相同。墨头的损耗(尤其是热喷墨打印头)是一项非常高的成本。选用品质较好的兼容墨水可以延长墨头的使用寿命。低打印电压和低振荡频率对喷头更有保护作用，但是过低的打印电压及振荡频率影响喷绘效果。在不影响喷绘效果的前提下，可以尽量选择支持低电压打印低黏度的墨水。
最好不要购买较低端的墨水或无牌的墨水。既然选择便宜的兼容墨水就一定要选择知名的兼容墨水品牌。优良品质的兼容墨水技术含量较高，对生产工艺的要求也较高，相对而言，可以避免堵头和色彩偏差等问题。
针对不同的应用环境，可以采用不同类型的喷绘墨水。针对不同的喷绘作业可以采用不同的墨水。例如，采用MUTOH RJ一8000机型进行喷绘作业，对于室内写真作业，可以采用染料型微压电墨水就可以满足要求，但是对于涂层灯箱布喷绘作业，则需采用耐候性较好的油性墨水。而对于喷绘PVC材料作业的大型喷绘机，则需要采用具有强烈腐蚀性和户外耐候时间长的溶剂型墨水。
墨水的选配要以喷头特性为依据，不同的喷绘机应选购不同的墨水。对于HP鳓OVAJET户内机型，由于其喷头采用的是热发泡喷墨技术，针对该机型应采用染料型热发泡墨水。而对于EPSON喷头机型，由于其喷头采用的是微压电技术，须采用微压电墨水，比如MIMAKIJv一4、MUTOH RJ一8000等机型。
墨水的安全也是不得不考虑的一个问题。国内的某些墨水生产商，选用低成本的颜料及工业用的溶剂，而不考虑墨水对人体的安全性。一些医学案例表明，长期接触此类墨水对人体的伤害极大。在选用墨水前，必须先了解其成分再做出选择。对于不符合安全标准的墨水，用户不要贪图便宜。采用这些毒性强烈的墨水，可能会导致严重的后果。
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